《良医第三季》的剧情围绕着患有自闭症和学者症候群的年轻外科医生肖恩·墨菲展开。肖恩在医疗领域拥有超乎常人的天赋，他能够清晰地看到器官、静脉和腺体的结构，如同医学书籍上的插图一般清晰。然而，这种超凡的医学洞察力却与他的社交能力形成了鲜明对比，使得他在与患者和同事的交流中频频遭遇困难。

在这一季中，肖恩不仅要面对各种复杂的医疗病例，还要努力应对自己生活中的巨大变化——他恋爱了。如何平衡自己的职业生涯和感情生活，成为他必须面对的难题。同时，肖恩还要不断应对来自周围人的质疑和挑战，证明自己的价值和能力。在这一过程中，他不仅救助了无数的病人，也实现了自我成长和突破。