《繁城之下》的剧情设定在明朝万历三十七年的江南蠹县。故事开篇，县城内接连发生数起离奇凶案，受害者身份各异，却彼此无甚关联。尸体被摆成诡异的姿势，每个案发现场都留下一句令人费解的话语。

小捕快曲三更作为第一个受害者的徒弟，决定深入调查。他携手典史宋辰、同伴高士聪等人，逐渐发现这些案件似乎都指向了一个尘封二十年的旧案。在调查过程中，他们遇到了形形色色的人物，包括三教九流、士农工商等社会各阶层。

随着线索的逐渐累积，真相也慢慢浮出水面。原来，这些看似毫无关联的凶案，其实都是某个庞大阴谋的一部分。曲三更等人凭借智慧和勇气，最终揭开了这个阴谋的真相，为受害者讨回了公道，也为蠹县带来了久违的安宁。