《铠甲勇士拿瓦》的剧情围绕着2013年的中国某城市展开。在这个城市中，邪恶的科学家马天与李博士合作，企图通过研发一种可怕的传染病毒和疫苗来谋取巨额财富。然而，在一次运输意外中，未成熟的病毒意外泄露，导致城市中部分拥有犯罪基因的人变异成暴恶兽人——欧克瑟。

与此同时，发明家柯国龙利用自然界的四元素——火、风、水、土，创造出了四套具有超能力的铠甲，分别是熔焰铠甲拿瓦、漩啸铠甲茨纳米、狂飓铠甲驮拏多和绝峭铠甲酷雷伏。这些铠甲具有消灭反自然病毒邪恶能量的能力。

随着马天对欧克瑟研究的深入，他逐渐产生了建立欧克瑟世界的疯狂念头。然而，一群热血青年，如端木燕、马青山等人，他们利用科学推理协助警方侦破欧克瑟案件，并借助铠甲的自然能量，成功阻止了马天的野心，保护了城市的和平与安宁。