《娘子在上》是一部描绘古代京城爱情与命运交织的电视剧。故事发生在繁华的京城，秦草堂的当家秦重楼与大将军云子龙各自心怀目的，向皇上请旨赐婚莫家医馆的女儿。莫家有两女，嫡女莫静妤医术高超，庶女莫半夏则性格直率。皇上下旨以抽福袋的方式决定婚配，秦重楼期望娶得莫静妤以治疗腿疾，而云子龙则想利用莫半夏掌握当年陷害云家的证据。

然而，命运弄人，秦重楼与莫半夏结为夫妻，云子龙则入赘莫家与莫静妤成婚。两对夫妻起初并不情愿，但随着时间的推移，他们逐渐发现彼此的优点，彼此关心，成为了真正的良配。故事穿插着宫廷的权力斗争、家族的恩怨情仇以及个人的成长与变化，最终呈现出了一幅充满爱情、亲情和友情的动人画卷。